Μοντελοποιήση κυτταρικής απόκρισης με μεθόδους βελτιστοποιήσης

Περίληψη

Η εν λόγω διδακτορική διατριβή πραγματεύεται την μοντελοποίηση κυτταρικών σηματοδοτικών μονοπατιών με χρήση μεθόδων βελτιστοποίησης, με σκοπό την κατανόηση της διαφοροποίηση των κυττάρων μεταξύ φυσιολογικών και παθολογικών καταστάσεων και εφαρμογές στη συστημική φαρμακολογία. Ο υποψήφιος διδάκτωρ ανέπτυξε μεθόδους Ακέραιου Γραμμικού Προγραμματισμού (ΑΓΠ/ILP) για να εξερευνήσει συστηματικά την συνδεσμολογία των κόμβων που απαρτίζουν το δίκτυο μονοπατιών και να προτείνει μοντέλα που περιγράφουν συσχετίσεις που έχουν παρατηρηθεί πειραματικά. Οι αλγόριθμοι που αναπτύχθηκαν παρέκαμψαν μερικούς σημαντικούς περιορισμούς που είχαν παραδοσιακά οι σχετικοί αλγόριθμοι που έκαναν χρήση ILP τεχνικών όπως η αδυναμία μοντελοποίησης πειραμάτων με άγνωστη αρχική κατάσταση, η αδυναμία να εξερευνήσουν κυκλικά δίκτυα καθώς και η έμμεση μοντελοποίηση της παρουσίας ή μη σχετικών πρωτεϊνών. Κατά τη διάρκεια της διατριβής του ο υποψήφιος διδάκτωρ χρησιμοποίησε τους αλγόριθμους αυτούς για να μελετήσει ποικίλα ...
περισσότερα

Περίληψη σε άλλη γλώσσα

This dissertation addresses the modeling of cellular signaling pathways using optimization methods in order to understand cell differentiation between physiological and pathological conditions with applications in systemic pharmacology. The PhD candidate has developed Integral Linear Programming (ILP) methods to systematically explore the linking of the nodes that make up the pathway network and suggest novel models describing correlations which have been observed experimentally. The algorithms that have been developed have circumvented some important limitations of traditional ILP techniques such as the inability to model experiments with unknown initial state, the inability to explore circular networks as well as the indirect modeling of the presence or non-related proteins. During his dissertation, the PhD candidate used these algorithms to study a variety of biological phenomena such as traceability of signaling networks between mice and humans, mechanisms by which various drugs ca ...
περισσότερα
Πρέπει να είστε εγγεγραμένος χρήστης για έχετε πρόσβαση σε όλες τις υπηρεσίες του ΕΑΔΔ  Είσοδος /Εγγραφή

Όλα τα τεκμήρια στο ΕΑΔΔ προστατεύονται από πνευματικά δικαιώματα.

Διεύθυνση Handle
http://hdl.handle.net/10442/hedi/44092
ND
44092
Εναλλακτικός τίτλος
Modeling cell response via optimization methods
Συγγραφέας
Σακελλαρόπουλος, Θεόδωρος Κωνσταντίνος
Ημερομηνία
2018
Ίδρυμα
Εθνικό Μετσόβιο Πολυτεχνείο (ΕΜΠ). Σχολή Μηχανολόγων Μηχανικών. Τομέας Μηχανολογικών Κατασκευών και Αυτομάτου Ελέγχου
Εξεταστική επιτροπή
Αλεξόπουλος Λεωνίδας
Προβατίδης Χριστόφορος
Τσαγγάρης Σωκράτης
Κούρνια Ζωή
Χονδρογιάννη Νίκη
Ματσόπουλος Γεώργιος
Τσιρίγος Αριστοτέλης
Χατζηιωάννου Αριστοτέλης
Επιστημονικό πεδίο
Μηχανική & Τεχνολογία
Βιοϊατρική Μηχανική
Λέξεις-κλειδιά
Συστημική βιολογία; Βιοπληροφορική; Φαρμακολογία
Χώρα
Ελλάδα
Γλώσσα
Αγγλικά
Άλλα στοιχεία
xx, 96 σ., πιν., σχημ., γραφ.
Ειδικοί όροι χρήσης/διάθεσης
Το έργο παρέχεται υπό τους όρους της δημόσιας άδειας του νομικού προσώπου Creative Commons Corporation:Creative Commons Αναφορά Δημιουργού Παρόμοια Διανομή 3.0 Ελλάδα