Μελέτες αλληλεπίδρασης γονιδίων και επίκτητων/περιβαλλοντικών παραγόντων σε πολυσύνθετα γενετικά νοσήματα

Abstract

Purpose: Several thousand human genome epidemiology association studies are published every year investigating the relationship between common genetic variants and diverse phenotypes. However, it is unknown whether these studies provide sufficient and transparent reporting. Methods: Articles were randomly selected from a continuously updated database of human genome epidemiology association studies to be representative of genetic epidemiology literature and from a systematic reviews’ data-base, available through HuGE network. The following dimensions were assessed: study design, genotyping method, population stratification, analysis, and inferences. We also evaluated the reporting of studies involving gene-environment interactions. Results: Most studies examined multiple polymorphisms from one gene using relatively small study populations. Measures needed to assess selection bias and methods used to minimize the misclassification of the genotype, outcome, and environmental exposure or to identify population stratification were not reported consistently. Systematic reviews were also affected from poor reporting. Conclusion: We conclude that the reporting of human genome epidemiology association studies is suboptimal and, while some improvements were seen over time, efforts are still needed to enhance and standardize the reporting of this literature. The situation reflects to systematic reviews, where investigators were unable to synthesize the available information in many cases. To improve reporting and evidence from gene-environment studies researchers should a) establish/strengthen international collaborations b) adopt STreGA statement for the improvement of the quality of published manuscripts and c) to handle the large volume of the available information from genome wide association studies.

Η επανάσταση της γενετικής πληροφορικής και η λεπτομερής καταγραφή και ανάλυση του ανθρώπινου γονιδιώματος έχουν ανοίξει νέους ορίζοντες στην ιατρική και αναμένεται να οδηγήσουν στην καλύτερη κατανόηση και αντιμετώπιση πολλών σύνθετων νοσημάτων που ο κληρονομικός παράγοντας διαδραματίζει σημαντικό αιτιολογικό ρόλο στην παθογένεσή τους. Τέλος, η ανάλυση της γενετικής πληροφορίας περιπλέκεται περαιτέρω από το γεγονός πως για τα περισσότερα νοσήματα και εκβάσεις με ενδιαφέρον για την ανθρώπινη υγεία, οι γενετικοί παράγοντες δεν επιδρούν στο κενό, αλλά τροποποιούν κινδύνους που διαμορφώνονται από εκθέσεις σε περιβαλλοντικούς παράγοντες. Η συλλογή του δείγματος έγινε με τη συμβολή της βάσης δεδομένων HuGE Pub Lit. Σκοπός ήταν να δημιουργήσουμε μια βάση δεδομένων από μελέτες γενετικών συσχετίσεων καθώς μετα-αναλύσεις που δημοσιεύθηκαν από το 2001-2006 και οι οποίες αναφέρουν κάποιο μέγεθος επίδρασης (effect size) για μία τουλάχιστον ομάδα ασθενών στους οποίους μελετήθηκε τουλάχιστον ένας γενετικός κι ένας περιβαλλοντικός παράγοντας κινδύνου. Οι εκβάσεις στο τυχαίο δείγμα αφορούσαν κυρίως σε καρκίνο και καρδιαγγειακά, ενώ οι κύριοι περιβαλλοντικοί παράγοντες υπό μελέτη ήταν το κάπνισμα και το αλκοόλ. Η αναφορά διάφορων ποσοτικών και ποιοτικών χαρακτηριστικών στις μελέτες ήταν φτωχή. Οι μελέτες αλληλεπίδρασης γονιδίων-περιβάλλοντος για σύνθετα πολυπαραγοντικά νοσήματα έχουν πολύ δρόμο να διανύσουν ώστε να κινηθούν προς την σωστή κατεύθυνση. Τα ουσιαστικότερα βήματα που θα συμβάλουν στην βελτίωση και αξιοποίηση της πληροφορίας αυτής είναι: α) Δημιουργία ή/και ενίσχυση διεθνών συνεργιών που θα δουλεύουν προς κοινή κατεύθυνση β) υιοθέτηση της δήλωσης STreGA ώστε να βελτιωθεί η ποιότητα των μελετών που πρόκειται να δουν το φως της δημοσιότητας και γ) αξιοποίηση των τεράστιων μελετών ευρείας κλίμακας συσχέτισης γονιδιώματος ώστε να επωφεληθούμε από τον όγκο της γενετικής πληροφορίας.