Η συμβολή των μεγάλων μη-κωδικών (long non-coding) RNAs στην αιτιοπαθογένεια των ΙΦΝΕ

Abstract

A number of Genome Wide Association Studies (GWAS) indicates hundreds of polymorphisms associated with Inflammatory Bowel Disease (IBD) risk, such as Crohn’s disease (CD) and ulcerative colitis (UC). In recent years, it has been shown that large non-coding RNA transcripts (LncRNAs) appear to have a regulatory role by altering the expression levels of genes causing alternative splicing or affecting their secondary structure in various diseases, including IBD. However, the pathogenesis of the IBD remains unclear so far and the there is scarce data about the role of lncRNAs in these diseases. Thus, we aimed to evaluate the correlation between polymorphisms at lncRNAs and the pathophysiology of IBD in Greek population. Genotyping of rs1476514, rs3757247 and rs597325 single nucleotide polymorphisms (SNPs) was carried out in a population-based case-control study including 242 patients with NC, 185 with EC and 220 healthy controls. According the results, the frequency of allele A of rs1476514, appears to prevail in healthypopulation. As far as rs3757247 is concerned, the frequency of G allele is higher in healthy controls in comparison to UC whereas all samples tested for rs597325 were found heterozygous. In conclusion, the understanding of the mechanisms of IBD presentation is limited so far and the etiology is basically still unknown. However, as accumulating evidence suggest that there is a correlation between selected lncRNA SNPs and IBDs, larger studies are needed in order to confirm our results and research further the role of dysregulated lncRNA polymorphisms in IBD pathogenesis.

Ένας αυξανόμενος αριθμός μελετών ευρέως γονιδιώματος (Genome Wide Association Studies, GWAS) έχει αναδείξει εκατοντάδες πολυμορφισμούς που σχετίζονται με τον κίνδυνο εκδήλωσης ιδιοπαθών φλεγμονωδών νόσων του εντέρου (ΙΦΝΕ), όπως η νόσος Crohn (NC) και η ελκώδης κολίτιδα (ΕΚ). Πρόσφατα, έχει δειχθεί ότι τα μεγάλα μη-κωδικά RNA μετάγραφα (large non-coding RNA transcripts, LncRNAs) διαδραματίζουν ρυθμιστικό ρόλο σε ποικίλα νοσήματα, μεταβάλλοντας το επίπεδο έκφρασης των γονιδίων προκαλώντας εναλλακτικό μάτισμα ή επιδρώντας στη δευτεροταγή δομή τους, συμπεριλαμβανομένων των ΙΦΝΕ. Ωστόσο, η παθογένεση των ΙΦΝΕ παραμένει έως σήμερα ασαφής και υπάρχουν περιορισμένα δεδομένα σχετικά με το ρόλο των lncRNAs σε αυτές τις παθήσεις. Επομένως, στόχος της παρούσας μελέτης είναι να εκτιμήσει τη συσχέτιση μεταξύ πολυμορφισμών σε lncRNA γονίδια και την εκδήλωση ΙΦΝΕ στον ελληνικό πληθυσμό και να συμβάλει στην αποσαφήνιση της παθοφυσιολογίας των ΙΦΝΕ. Πραγματοποιήθηκε μελέτη πληθυσμού ασθενώνμαρτύρων και γονοτύπηση των πολυμορφισμών μονού νουκλεοτιδίου (single nucleotide polymorphisms, SNPs) rs1476514, rs3757247 και rs597325 σε δείγμα ορού αίματος από 242 ασθενείς με NC, 185 ασθενείς με ΕΚ και 220 υγιείς μάρτυρες.Βρέθηκε ότι η συχνότητα του αλληλόμορφου Α του SNP rs1476514 επικρατή στον υγιή πληθυσμό. Επιπροσθέτως, σχετικά με τον SNP rs3757247, η συχνότητα του αλληλόμορφου G είναι υψηλότερη στους υγιείς μάρτυρες σε σύγκριση με του ασθενείς με ΕΚ ενώ σε όλα τα υπό μελέτη δείγματα διαπιστώθηκε ετεροζυγωτία για τον SNP rs597325. Συμπερασματικά, η κατανόηση των μηχανισμών που συμμετέχουν στην εκδήλωση των ΙΦΝΕ είναι επί του παρόντος περιορισμένη και η αιτιολογία τους παραμένει άγνωστη. Καθώς όμως συσσωρεύονται δεδομένα που υποδεικνύουν ότι υπάρχει συσχέτιση ορισμένων SNPs σε lncRNAs με τις ΙΦΝΕ, θα χρειαστούν μελέτες με μεγαλύτερο πληθυσμό ώστε να επιβεβαιωθούν τα αποτελέσματα και να αναζητηθεί ο ρόλος των απορρυθμισμένων lncRNAs στην παθογένεση των ΙΦΝΕ.