Βιοπληροφορική ανάλυση, διαχείριση και οργάνωση βιολογικών δεδομένων σχετιζόμενων με τη μετα-μεταφραστική ρύθμιση

Περίληψη

Η μετα-μεταφραστική ρύθμιση αποτελεί ένα σημαντικό, γρήγορο και ενεργειακά αποδοτικό επίπεδο της κυτταρικής ρύθμισης, για το οποίο έχουν αναπτυχθεί πολλές ομικές τεχνολογίες μεγάλης κλίμακας. Η μετα-μεταφραστική τροποποίηση των αμινοξέων και ειδικότερα η πρωτεϊνική φωσφορυλίωση και μεθυλίωση έχουν κεντρικό ρόλο. Αυτή η διδακτορική διατριβή εστίασε σε δημοσιευμένα δεδομένα φωσφο-πρωτεωμικής και μεθυλ-πρωτεωμικής με σκοπό να αναπτύξει υπολογιστικά εργαλεία και βιοπληροφορικές μεθόδους/αναλύσεις που θα μπορούν να τα αναλύσουν και να εξάγουν γνώση για τις ιδιότητες αυτού του επιπέδου ρύθμισης. Κατά την διάρκεια αυτής της διατριβής, συλλέχθησαν, φιλτραρίστηκαν, αποθηκεύτηκαν και οργανώθηκαν δημοσιευμένα δεδομένα, με τη βοήθεια ενός υπολογιστικού εργαλείου διαχείρισης της Βιβλιογραφίας και μιας βάσης δεδομένων που ανέπτυξα. Επιπλέον, και άλλα ομικά και εξελικτικά δεδομένα ενσωματώθη
Βιοπληροφορική ανάλυση, διαχείριση και οργάνωση βιολογικών δεδομένων σχετιζόμενων με τη μετα-μεταφραστική ρύθμιση

Περίληψη

Η μετα-μεταφραστική ρύθμιση αποτελεί ένα σημαντικό, γρήγορο και ενεργειακά αποδοτικό επίπεδο της κυτταρικής ρύθμισης, για το οποίο έχουν αναπτυχθεί πολλές ομικές τεχνολογίες μεγάλης κλίμακας. Η μετα-μεταφραστική τροποποίηση των αμινοξέων και ειδικότερα η πρωτεϊνική φωσφορυλίωση και μεθυλίωση έχουν κεντρικό ρόλο. Αυτή η διδακτορική διατριβή εστίασε σε δημοσιευμένα δεδομένα φωσφο-πρωτεωμικής και μεθυλ-πρωτεωμικής με σκοπό να αναπτύξει υπολογιστικά εργαλεία και βιοπληροφορικές μεθόδους/αναλύσεις που θα μπορούν να τα αναλύσουν και να εξάγουν γνώση για τις ιδιότητες αυτού του επιπέδου ρύθμισης. Κατά την διάρκεια αυτής της διατριβής, συλλέχθησαν, φιλτραρίστηκαν, αποθηκεύτηκαν και οργανώθηκαν δημοσιευμένα δεδομένα, με τη βοήθεια ενός υπολογιστικού εργαλείου διαχείρισης της Βιβλιογραφίας και μιας βάσης δεδομένων που ανέπτυξα. Επιπλέον, και άλλα ομικά και εξελικτικά δεδομένα ενσωματώθηr>