Μοριακή μελέτη των μηνιγγιωμάτων

Abstract

In the present study we examined the presence of mutations of the IDH1 and IDH2 genes in meningioma samples. Furthermore, promoter methylation status for the APC, RASSF1A, MGMT, DAPK, hMLH1 and PTEN genes was studied.78 paraffin embedded meningioma samples of all three meningioma Grades were analysed. The main methods applied were DNA bisulfite treatment of our samples, conventional PCR, PCR followed by High Resolution Melting Analysis and DNA sequencing with the use of the Sanger technique and pyrosequencing.Our results show that 5.3% of our samples carried IDH1 gene mutations and 4.8% had IDH2 gene mutations. All of these samples carrying the aforementioned mutations were Grade II and III. We also found in 38% of the samples that the APC gene promoter was methylated, 44% were methylated in the DAPK gene promoter region, 24.5% in the RASSF1A gene promoter region and 36% had a methylated MGMT gene promoter. The degree and extent of gene promoter methylation varied in terms of the number of methylated CpG islands. Our results of the hMLH1 and PTEN gene promoter methylation were not included, due to the small number of samples that were successfully analysed.

Στην παρούσα διατριβή μελετήσαμε τις μεταλλαγές δύο γονιδίων, των IDH1 και IDH2 τα οποία είναι γνωστό πως συμμετέχουν στην αιτιοπαθογένεια των γλοιωμάτων, όπως επίσης είναι γνωστό πως λειτουργούν ως παράγοντες ρύθμισης των επιπέδων της μεθυλίωσης του DNA στα γλοιώματα. Επίσης, μελετήθηκε ο βαθμός μεθυλίωσης των υποκινητών έξι γονιδίων, των APC, RASSF1A, MGMT, DAPK, hMLH1 και PTEN. Το υλικό που αναλύθηκε ήταν 78 ιστολογικά δείγματα μηνιγγιωμάτων διαφόρων βαθμών κακοήθειας. Οι κύριες μέθοδοι που χρησιμοποιήθηκαν ήταν η χημική τροποποίηση του DNA, η συμβατική PCR, η PCR ακολουθούμενη από HRMA και η αλληλούχιση των υποκινητών με την μέθοδο Sanger και την μέθοδο της πυροαλληλούχισης. Όσον αφορά στα αποτελέσματά μας για τα γονίδια IDH1 και IDH2, ανιχνεύτηκαν στο IDH1 μεταλλαγές σε ποσοστό 5.3% και στο γονίδιο IDH2 ανιχνεύτηκαν μεταλλαγές σε ποσοστό 4.8%, σε δείγματα μηνιγγιωμάτων βαθμού κακοήθειας (Grade) ΙΙ και ΙΙΙ. Επίσης βρήκαμε διαφόρων βαθμών ετερογενή μεθυλίωση των υποκινητών των γονιδίων APC, DAPK, RASSF1A και MGMT. Συγκεκριμένα, για το γονίδιο ΑPC ανιχνεύτηκε μεθυλίωση του υποκινητή του στο 38% των δειγμάτων, για τον υποκινητή του γονιδίου DAPK στο 44% των δειγμάτων, για τον υποκινητή του γονιδίου RASSF1A στο 24.5% και για τον υποκινητή του γονιδίου MGMT στο 36%. Λόγω των χαμηλών αριθμών των δειγμάτων που αναλύθηκαν των υποκινητών των γονιδίων hMLH1 και PTEN, τα αποτελέσματα αυτά δεν συμπεριελήφθησαν.