Σύγκριση της ευαισθησίας και της ειδικότητας των μοριακών τεχνικών και των κλασσικών συμβατικών μεθόδων στη διάγνωση των βακτηριακών λοιμώξεων

Abstract

The aim of this project was to compare the specificity and sensitivity of molecular and culture methods in diagnosis of bacterial infections. During 2006-2009 we analyzed: 326 blood samples, 136 Cerebrospinal fludis, 80 pleuric fluids, 40 articular fluids, 52 tissues, 295 gastric-sputum-bronchial egests και 270 cervical specimens from patients admitted to the University Hospital of Larissa. Broad range 16S rRNA PCR was applied to sterile clinic specimens, and it was found to be more sensitive than cultures of: CSF (100% against 30%), pleuritic fluids (100% against 33%), articular fluids (100% against 0%) και orthopaedic infection tissues (100% against 52,4%). In contrast broad range 16S rRNA PCR method in blood studies was less sensitive (34,6%) than cultures. PCR with primers specific for pathogenic bacteria was applied to specimens with natural floral. Molecular methods are substandard especially in the ability of detecting mycobacteria having a percentage of sensitivity only 19,4%. However, they have an important advantage in identification of mycobacteria using direct culture, and in determination of mutations encoding resistance to rifampicin and isoniazid. In addition the PCR method is useful for diagnosis of Chlamydia infections in comparison with immunofluorescence. In conclusion, molecular techniques provide important assistance in successful diagnosis of bacterial infections.

Στόχος της παρούσας εργασίας ήταν η σύγκριση της ειδικότητας και της ευαισθησία των μοριακών τεχνικών σε σχέση με τις κλασσικές συμβατικές μεθόδους στη διάγνωση των βακτηριακών λοιμώξεων. Στο χρονικό διάστημα 2006-2009 αναλύθηκαν με τις δύο μεθόδους: 326 αίματα, 136 ΕΝΥ, 80 πλευριτικά υγρά, 40 αρθρικά υγρά, 52 ιστοί, 295 γαστρικά-πτύελα-βρογχικές εκκρίσεις και 270 τραχηλικά δείγματα ασθενών από το Πανεπιστημιακό Νοσοκομείο Λάρισας. Στα κλινικά δείγματα χωρίς μικροβιακή χλωρίδα εφαρμόσαμε την ευρέως φάσματος 16S rRNA PCR, και στα αποτελέσματα προέκυψε μεγαλύτερο ποσοστό ευαισθησίας συγκριτικά με την καλλιέργεια : ΕΝΥ (100% έναντι 30%), πλευριτικά υγρά (100% έναντι 33%), αρθρικά υγρά (100% έναντι 0%) και ιστοί ορθοπεδικών λοιμώξεων (100% έναντι 52,4%). Aντίθετα, η εφαρμογή της ευρέως φάσματος PCR στο αίμα είχε μικρότερη ευαισθησία (34,6%) από την κλασική καλλιέργεια. Στα κλινικά δείγματα με φυσιολογική χλωρίδα εφαρμόσαμε PCR με εκκινητές ειδικούς για παθογόνα βακτήρια. Συγκεκριμένα στην ανίχνευση μυκοβακτηριδίων η μοριακή μέθοδος υστερεί των κλασσικών μεθόδων με ποσοστό ευαισθησίας μόνο 19,4%. Συνεισφέρει όμως σημαντικά στην ταυτοποίηση μυκοβακτηριδίων από άμεσο καλλιέργημα και στον προσδιορισμό των μεταλλάξεων που κωδικοποιούν αντοχές σε δύο κύρια αντιφυματικά αντιβιοτικά, τη ριφαμπικίνη και την ισονιαζίδη. Επίσης ουσιαστική βοήθεια φαίνεται να προσφέρει η PCR στη διάγνωση χλαμυδιακών λοιμώξεων σε σχέση με τον ανοσοφθορισμό. Συμπερασματικά, οι μοριακές τεχνικές βοηθούν σημαντικά στη διάγνωση των βακτηριακών λοιμώξεων.