Φυλογενετική ανάλυση βιολογικών δεδομένων

Περίληψη

Οι πολλαπλές συστοιχίσεις ακολουθιών αποτελούν το πρώτο βήμα για την κατασκευή φυλογενετικών δέντρων και η ποιότητά τους κρίνεται εν πολλοίς από τις συγκεκριμένες αυτές αρχικές συστοιχίσεις. Έτσι, για να μπορέσει κανείς να εκτιμήσει ένα φυλογενετικό δέντρο, που απεικονίζει την εξελικτική σχέση μεταξύ ενός συνόλου δεδομένων (πχ. πρωτεϊνών), θα πρέπει να κάνει σωστή πολλαπλή συστοίχιση. Η παρούσα διατριβή εισάγει μία νέα προσέγγιση για τον υπολογισμό πολλαπλών συστοιχίσεων ακολουθιών που σκοπό έχει να χρησιμοποιηθεί στη συνέχεια στη μεθοδολογία υπολογισμού φυλογενετικών δέντρων για να παραχθούν έτσι περισσότερο αξιόπιστα φυλογενετικά δέντρα. Πιο συγκεκριμένα, θεμελιώνονται μαθηματικά τα ασαφή κρυφά μαρκοβιανά μοντέλα για την περίπτωση βιολογικών δεδομένων (π.χ. πρωτεϊνών) ορίζοντας αρχικά τα χαρακτηριστικά ενός ασαφούς μοντέλου και στη συνέχεια προσδιορίζοντας τα τρία βασικά προβλήματα στα οποία το ασαφές κρυφό μαρκοβιανό μοντέλο μπορεί να δώσει λύση. Έπειτα, αναπτύσσονται οι τρεις νέες ...
περισσότερα

Περίληψη σε άλλη γλώσσα

Aligning a multitude of sequences is the first step for producing phylogenetic trees, and the phylogenetic tree analysis depends a lot on these initial alignments. So, in order to estimate a phylogenetic tree that depicts the evolutionary relationship among multiple biological data (such as proteins), a right multiple sequence alignment is critical. This thesis deals with a new approach in producing multiple sequence alignments that are going to be used in the methodology of producing phylogenetic trees with greater reliability. More specifically, the fuzzy profile hidden markov model for the case of biological data (such as proteins) is mathematically founded, by initially defining the characteristic of the fuzzy model and then, determining the three basic problems that the fuzzy profile hidden markov model deals with. Afterwards, three new techniques are developed in order to handle the new model: the fuzzy forward, the fuzzy backward and the fuzzy Viterbi algorithm. Then a methodolo ...
περισσότερα

Όλα τα τεκμήρια στο ΕΑΔΔ προστατεύονται από πνευματικά δικαιώματα.

DOI
10.12681/eadd/24030
Διεύθυνση Handle
http://hdl.handle.net/10442/hedi/24030
ND
24030
Εναλλακτικός τίτλος
Phylogenetic analysis of biological data
Συγγραφέας
Κολλιδά, Χρυσούλα του Ευάγγελος
Ημερομηνία
2008
Ίδρυμα
Αριστοτέλειο Πανεπιστήμιο Θεσσαλονίκης (ΑΠΘ). Σχολή Επιστημών Υγείας. Τμήμα Ιατρικής
Εξεταστική επιτροπή
Παππάς Κωνσταντίνος
Μαγκλαβέρας Νικόλαος
Στρίντζης Μιχαήλ
Κουΐδου Σοφία
Μήτκας Περικλής
Κουφογιάννης Δημήτριος
Λαμπρόπουλος Αλέξανδρος
Επιστημονικό πεδίο
Φυσικές ΕπιστήμεςΕπιστήμες Ηλεκτρονικών Υπολογιστών & Πληροφορικής ➨ Βιολογία
Ιατρική και Επιστήμες ΥγείαςΒασική Ιατρική
Λέξεις-κλειδιά
Βιοπληροφορική; Φυλογενετική ανάλυση δεδομένων; Πολλαπλή συστοίχιση ακολουθιών; Κρυφά ασαφή Μαρκοβιανά μοντέλα
Χώρα
Ελλάδα
Γλώσσα
Ελληνικά
Άλλα στοιχεία
174 σ., εικ.
Στατιστικά χρήσης
ΠΡΟΒΟΛΕΣ
Αφορά στις μοναδικές επισκέψεις της διδακτορικής διατριβής.
Πηγή: Google Analytics.
ΞΕΦΥΛΛΙΣΜΑΤΑ
Αφορά στο άνοιγμα του online αναγνώστη.
Πηγή: Google Analytics.
ΜΕΤΑΦΟΡΤΩΣΕΙΣ
Αφορά στο σύνολο των μεταφορτώσων του αρχείου της διδακτορικής διατριβής.
Πηγή: Εθνικό Αρχείο Διδακτορικών Διατριβών.
ΧΡΗΣΤΕΣ
Αφορά στις μοναδικές επισκέψεις της διδακτορικής διατριβής.
Πηγή: Εθνικό Αρχείο Διδακτορικών Διατριβών.
Σχετικές εγγραφές (με βάση τις επισκέψεις των χρηστών)