Μελέτη των αλλοστερικών θέσεων πρόσδεσης χοληστερόλης στους υποδοχείς αδενοσίνης Α2Α και Α1 σε πρότυπα κυτταροπλασματικής μεμβράνης με χρήση προσομοιώσεων μοριακής δυναμικής με αδροποιημένα πρότυπα

Περίληψη

Για αυτή τη διατριβή, χρησιμοποιήθηκαν προσομοιώσεις μοριακής δυναμικής αδροποιήμενων προτύπων (Coarse Grained MD) προκειμένου να μελετηθούν οι αλληλεπιδράσεις πρωτεΐνης-χοληστερόλης για τις διαφορετικές καταστάσεις ενεργότητας του υποδοχέα αδενοσίνης A2A (A2AR) και του υποδοχέα αδενοσίνης A1 (A1R) και να προβλεφθούν νέες θέσεις δέσμευσης χοληστερόλης συμπεριλαμβανομένων των αμινοξέων με υψηλό χρόνο παραμονής της χοληστερόλης σε τρεις βιολογικά σχετικές μεμβράνες και συγκεκριμένα τις: 1-παλμιτοϋλ-2-ελαιοϋλ-sn-γλυκερο-3-φωσφοχολίνη (POPC): χοληστερόλη, POPC: χοληστερόλη: διφωσφορική φωσφατιδυλινοσιτολη (ΡΙΡ2) και σε μεμβράνη που προσομοιάζει την κυτταρική πλασματική μεμβράνη.Σε σύγκριση με την POPC-χοληστερόλη και την POPC-PIP2-χοληστερόλη, η μεμβράνη που προσομοιάζει την κυτταρική πλασματική μεμβράνη βρέθηκε ότι περιγράφει καλύτερα τις θέσεις δέσμευσης χοληστερόλης που είχαν ανιχνευθεί σε άλλες μελέτες για την ανενεργή κατάσταση του A2AR και αποκάλυψε τις θέσεις δέσμευσης με αμινοξέα ...
περισσότερα

Περίληψη σε άλλη γλώσσα

For this thesis, coarse-grained molecular dynamics (CG MD) simulations were implemented in order to study protein-cholesterol interactions for different activation states of the A2A adenosine receptor (A2AR) and A1 adenosine receptor (A1R) and predict new cholesterol binding sites including amino acid residues with high residence time in three biologically relevant membranes namely; 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine (POPC) : cholesterol, POPC : cholesterol: phosphatidylinositolbisphosphate (PIP2) and a plasma mimetic membrane. Compared to POPC-cholesterol and POPC-PIP2-cholesterol, the plasma mimetic membrane was found to best describe the cholesterol binding sites previously detected for the inactive state of A2AR and revealed the binding sites with long-lasting amino acid residues. When using the plasma mimetic membrane and plotting residues with cholesterol residence time ≥ 2 μs, CG MD simulations captured most obviously the cholesterol – protein interactions. As men ...
περισσότερα

Όλα τα τεκμήρια στο ΕΑΔΔ προστατεύονται από πνευματικά δικαιώματα.

DOI
10.12681/eadd/53163
Διεύθυνση Handle
http://hdl.handle.net/10442/hedi/53163
ND
53163
Εναλλακτικός τίτλος
Study of state-dependent allosteric cholesterol binding sites in adenosine A2A, A1 receptors using coarse-grained molecular dynamics simulations in plasma mimetic membranes
Συγγραφέας
Τζωρτζίνη, Ευπραξία (Πατρώνυμο: Λεωνίδας)
Ημερομηνία
2023
Ίδρυμα
Εθνικό και Καποδιστριακό Πανεπιστήμιο Αθηνών (ΕΚΠΑ). Σχολή Επιστημών Υγείας. Τμήμα Φαρμακευτικής. Τομέας Φαρμακευτικής Χημείας
Εξεταστική επιτροπή
Κολοκούρης Αντώνιος
Souza Paulo Cesar Telles
Μικρός Εμμανουήλ
Μαυρομούστακος Θωμάς
Jordi Juarez Jimenez
Gerones Ferran Feixas
Τζέλη Δήμητρα
Επιστημονικό πεδίο
Ιατρική και Επιστήμες ΥγείαςΕπιστήμες Υγείας ➨ Επιστήμες υγείας, γενικά
Λέξεις-κλειδιά
Προσομοιώσεις μοριακής δυναμικής; Αδροποιημένα πρότυπα; Α1 ΚΑΙ Α2 ΥΠΟΔΟΧΕΙΣ ΑΔΕΝΟΣΙΝΗΣ; Πλασματική μεμβράνη
Χώρα
Ελλάδα
Γλώσσα
Αγγλικά
Άλλα στοιχεία
εικ., πιν., σχημ., γραφ.
Στατιστικά χρήσης
ΠΡΟΒΟΛΕΣ
Αφορά στις μοναδικές επισκέψεις της διδακτορικής διατριβής για την χρονική περίοδο 07/2018 - 07/2023.
Πηγή: Google Analytics.
ΞΕΦΥΛΛΙΣΜΑΤΑ
Αφορά στο άνοιγμα του online αναγνώστη για την χρονική περίοδο 07/2018 - 07/2023.
Πηγή: Google Analytics.
ΜΕΤΑΦΟΡΤΩΣΕΙΣ
Αφορά στο σύνολο των μεταφορτώσων του αρχείου της διδακτορικής διατριβής.
Πηγή: Εθνικό Αρχείο Διδακτορικών Διατριβών.
ΧΡΗΣΤΕΣ
Αφορά στους συνδεδεμένους στο σύστημα χρήστες οι οποίοι έχουν αλληλεπιδράσει με τη διδακτορική διατριβή. Ως επί το πλείστον, αφορά τις μεταφορτώσεις.
Πηγή: Εθνικό Αρχείο Διδακτορικών Διατριβών.
Σχετικές εγγραφές (με βάση τις επισκέψεις των χρηστών)