Μέθοδοι ανάλυσης τρισδιάστατων σχημάτων για αναζήτηση ομοιότητας πρωτεϊνών και protein docking

Περίληψη

Οι λειτουργίες των πρωτεϊνών πραγματοποιούνται κυρίως μέσω των αλληλεπιδράσεών τους με άλλα μόρια. Η έρευνα στο πεδίο των αλλλεπιδράσεων των πρωτεϊνών έχει προσελκύσει το ενδιαφέρον των επιστημόνων εδώ και δεκαετίες και εξακολουθεί να παραμένει ένα από τα σημαντικότερα προβλήματα στο χώρο της βιολογίας. Μεταξύ άλλων, το ενδιαφέρον στρέφεται στην ανάπτυξη υπολογιστικών μεθόδων ικανών να προβλέψουν με αυτόματο τρόπο την τρισδιάστατη δομή των συμπλόκων μορίων πρωτεϊνών, όπως το “Protein Docking”. Στην παρούσα διατριβή, προτείνονται καινοτόμες μέθοδοι για την υποβοήθηση των διαδικασιών του protein docking και της αναζήτησης πρωτεϊνικών δομών. Οι προτεινόμενες μέθοδοι βασίζονται στην ιδέα ότι όταν δυο πρωτεΐνες αλληλεπιδρούν οι επιφάνειές τους στην περιοχή σύνδεσης πρέπει να παρουσιάζουν γεωμετρική συμπληρωματικότητα (εκτός από τη φυσικοχημική συμπληρωματικότητα).Η πρώτη μέθοδος για protein docking βασίζεται στο ταίριασμα γεωμετρικά συμπληρωματικών επιφανειών. Η βασική ιδέα του αλγορίθμου ε ...
περισσότερα

Περίληψη σε άλλη γλώσσα

Protein functions are carried out through their interactions with other biological molecules. Research in protein interactions has attracted special interest from the scientific community for decades and still remains a hot research topic. Among others, there is an increasing interest to develop computational methods that automatically predict the 3D structure of protein-protein complexes, such as protein-protein docking. In this thesis, we propose novel approaches to assist protein-protein docking and protein similarity search. The proposed methods are based on the fact that when two proteins interact, their surfaces at the binding site demonstrate geometric complementarity (apart from physicochemical complementarity). The first docking method is based on geometric complementarity matching of the molecular surfaces. The basic idea of this algorithm is to use a descriptor that measures 3D shape similarity for computing shape complementarity, since equally-sized complementary surface pa ...
περισσότερα
Πρέπει να είστε εγγεγραμένος χρήστης για έχετε πρόσβαση σε όλες τις υπηρεσίες του ΕΑΔΔ  Είσοδος /Εγγραφή

Όλα τα τεκμήρια στο ΕΑΔΔ προστατεύονται από πνευματικά δικαιώματα.

Διεύθυνση Handle
http://hdl.handle.net/10442/hedi/30116
ND
30116
Εναλλακτικός τίτλος
3D shape analysis approaches for protein docking and similarity search
Συγγραφέας
Αξενόπουλος, Απόστολος του Βασίλειος
Ημερομηνία
2014
Ίδρυμα
Πανεπιστήμιο Θεσσαλίας. Σχολή Πολυτεχνική. Τμήμα Μηχανικών Ηλεκτρονικών Υπολογιστών, Τηλεπικοινωνιών και Δικτύων
Εξεταστική επιτροπή
Χούστης Ηλίας
Βάβαλης Εμμανουήλ
Χολή Θεοδώρα
Δάρας Πέτρος
Παπαδόπουλος Γεώργιος
Μποζάνης Παναγιώτης
Χούστη Αικατερίνη
Επιστημονικό πεδίο
Φυσικές Επιστήμες
Επιστήμες Ηλεκτρονικών Υπολογιστών & Πληροφορικής
Βιολογικές Επιστήμες
Λέξεις-κλειδιά
Ανάλυση τρισδιάστατων σχημάτων; Αναζήτηση ομοιότητας πρωτεΐνών; Αναζήτηση τρισδιάστατων προτύπων; Βιοπληροφορική
Χώρα
Ελλάδα
Γλώσσα
Αγγλικά
Άλλα στοιχεία
x, 130 σ., εικ., πιν., σχημ., γραφ., ευρ.

Σχετικές εγγραφές (με βάση τις επισκέψεις των χρηστών)