Genetic and genomic research to improve the productivity and robustness of farmed fish

Abstract

Nowadays, seafood comes both from wild and farmed populations, however aremarkable increase in the total production from the farmed populations is evident.In the southern European countries, species such as the European seabass and thegilthead seabream have been established as the leading Mediterranean species.However, given the wide consumer demand for different seafood, new species arebecoming more popular. The increasing production of aquaculture necessitatesfurther research into the genetic architecture such us growth performance and diseaseresistance against pathogens. For this purpose, the European seabass as well as twonew species with, emerging importance for aquaculture the sharpsnout seabream andthe common dentex have been studied in this dissertation using a variety of geneticand genomic approaches. Our research was focused on the growth performance aswell as the welfare and health traits of those species.The European seabass shows a higher stress response not only when being handled,but also when it is exposed to transfer etc. compared to other Mediterranean marinespecies. This higher stress response influences the growth and welfare of the fish.Apart from stress response, the European seabass is vulnerable to some Vibriopathogen species which, in some cases, could lead to high mortality after infection.To investigate the heritability of the stress response, body weight and resistanceagainst Vibrio infection and to identify QTL affecting the above traits in Europeanseabass, a commercial group of fish (Named by company as batch 10, 620 fish) wasselected. In this group, a stress experiment was performed in order to collectphenotypic measurements for stress indicators like cortisol, lysozyme and glucoselevels as well as their weight which was recorded in 4 different growth time points.Furthermore, a subgroup of batch 10 (332 fish) was selected to participate in theVibrio challenge in order to investigate evidence of significant genetic control fordisease resistance. Two multitrait animal models combined the stress indicators withbody weight and the disease resistance were analyzed. The heritability from all theabove models and traits ranged from 0.23 to 0.55, while the genetic/phenotypiccorrelations between traits reveal a negative genetic correlation between body weightand cortisol levels (-0.43) along with a positive genetic correlation between cortisollevels and resistance against Vibrio (0.33). The fish were genotyped using 35microsatellite markers and a linkage map was constructed providing six linkagegroups. A Quantitative Traits Loci (QTL) analysis for the stress indicators, the bodyweight and the resistance against Vibrio was performed. QTL affecting the stressindicators and the body weight were detected in all the linkage groups but noevidence of QTL for the disease resistance was identified. In conclusion, the studiedstress indicators can be considered as inheritable traits in European seabass and incombination with the detected QTL for those traits, candidates can be selected basedon their QTL genotype providing offspring with lower stress response, using aMarker Assisted Selection (MAS) approach. QTL affecting the body weight werealso detected, which can be accounted into the selection candidates’ process, in orderto improve the accuracy of selection.Since QTL were detected and moderate heritability was estimated for the above traitsin the population, further research was performed to deepen into the geneticknowledge of those traits and to create a useful tool of selection of breeders. Thefirst group of fish (batch 10, 620 offspring) was genotyped using a 57K SNP arrayas well as a second group of commercial fish (batch 13, 330 offspring) which wasselected and participated in a new stress experiment (under the same conditions), inorder to collect the phenotypic measurements. In the studied population (batch 10and batch 13), the Linkage Disequilibrium was calculated around 0.036, andhaplotype blocks were constructed including only 7.37% of the total SNPs. GWASfor all the above measurements was performed and two QTL associated with lactatelevels explaining 5% of the phenotypic variation were detected. One QTL wasdiscovered to affect the lysozyme levels, explaining 2.2% of the phenotypicvariation. Moreover, a putative QTL affecting growth performance was detectedusing all offspring, while two QTL associated with body weight were detected whenonly the first group (batch 10) was analyzed. Haplotype block based RegionalHeritability Mapping and a Regional Heritability mapping was performed on a sizeregion of 20 consecutive SNPs, but no evidence of statistically significant regions orblocks was detected. The last step was to estimate the genetic gain per generation forthe lactate levels using two different approaches, traditional polygenic (i.e., pedigreebased) selection and MAS. Thus, EBVs were estimated using only polygenicinfinitesimal models and a MAS selection was performed using the EBVs frompolygenic infinitesimal models combined with the QTL effect. The fish wereselected using the EBVs from the above approaches and compared, revealing ahigher decrease on the lactate levels using the QTL effect through MAS comparedto polygenic (i.e., pedigree based) selection. In conclusion, further research is neededin order to study the putative QTL affecting growth and to clarify its effect inproduction. Focusing on the stress response, lactate levels can be used beneficiallyas stress indicator for the European seabass. The use of the QTL affecting lactatelevels, can be helpful to the candidate’s selection into a breeding program since ahigher decrease of lactate levels was estimated in the candidates which were selectedusing it through MAS selection.Since only few QTL were detected using Genome Wide Association (GWAS)analysis, Genomic Selection and traditional polygenic (pedigree based) approachwere performed in order to compare them and select the most competitive strategyof the studied traits in the European seabass. The fish from the two batches wereused in order to estimate the heritability for the stress indicators as well as for thebody weight using Maximum likelihood. The genetic variance was estimated usingtwo different relationship matrices, the pedigree and the genomic, both were fittedin the model, one at a time. Starting with stress indicators, the heritability wasestimated using polygenic (pedigree based) infinitesimal models and it ranged from0.31 to 0.63. When using the genomic relationship matrix (i.e., genomic heritability),it ranged from 0.43 to 0.64. The body weight’s, heritability was also estimated usingpolygenic (pedigree based) infinitesimal models and it ranged from 0.54 to 0.75while using the genomic relationship matrix (i.e., genomic heritability), it rangedfrom 0.54 to 0.61. The breeding values were estimated using Best Linear UnbiasedPrediction (BLUP) and GBLUP (Genomic BLUP) approaches and they werecompared by estimating the correlations between EBVs and GEBVs. The correlationranged from 0.78 to 0.85 for stress response and from 0.85 to 0.91 for growth. Theaccuracy of selection (0.78 to 0.99) as well as the accuracy of estimation (0.32 to0.78) were estimated for all phenotypes, both provided better estimates when thegenomic relationship matrix was used. Selecting the 45% of the population asselection candidates, the genetic gain per generation was estimated for each trait andrevealed a better performance for the Genomic Selection (i.e., genomic relationshipmatrix model) (higher body weight at late growth stages and a better decrease instress bioindicator traits). Based on the genetic gain results, selection candidates forbreeders through Genomic Selection provided lower levels in all stress indicatortraits as well as higher body weight at the last two stages of growth compared totraditional approaches. The use of Genomic Selection indicates that a fasterimprovement per generation can be achieved, and all stress indicator traits can beused in order to improve the stress response in European seabass.Apart from the European seabass, limited information on growth performance existsfor new aquaculture species in the industry. Since new species are being used inaquaculture, genetic information which can be used in the development of a breedingstrategy could be beneficial in order to improve their production efficiency. Thus, aselected number of fish for the sharpsnout seabream (129 offspring) and the commondentex (131 offspring) were genotyped using a Next Generation stochasticgenotyping method (ddRAD) and phenotypes related to growth performance at thejuvenile stage were collected. Genetic data generated by the ddRAD were analyzedusing STACKS to discover SNP markers. The discovered SNPs were combined, andthe first linkage map supporting 24 linkage groups was constructed. Furthermore, apilot QTL analysis was performed for both species suggesting putative QTLaffecting growth at early stages. Even though, the QTL were not statisticallysignificant, a good trailing of the LOD score was identified using two differentmodels (with and without the effect of the polygenic component). When we searchfor the coordinates of those sequences of loci on reference genomes of other speciesof interest, they were found to be close to genes and other QTL reported to affectgrowth in other species. Two comparative analyses were performed between thestudied species and two species of interest respectively, gilthead seabream andEuropean seabass, in order to identify the genetic similarity between the species andto validate the quality of the new genetic maps. The genetic similarity between thestudied species and the gilthead seabream was higher to that of the respectivesimilarity with the European seabass. That was expected since the studied speciesare phylogenetically more related to the gilthead seabream. Finally, the quality ofthe two linkage maps was verified suggesting that high-quality results wereproduced. In conclusion, the genetic information which was found through the studyof the sharpsnout seabream and the common dentex provided evidence for QTLaffecting growth at early stages which can be utilized by the industry for theestablishment of a breeding program for those species. Moreover, the high similaritybetween gilthead seabream can be helpful for the further investigation of thosespecies since QTL that could be detected in gilthead seabream could be verified andutilized in future breeding programs in those new aquaculture species.

Στις μέρες μας, οι προς κατανάλωση ιχθύες προέρχονται τόσο από άγριους όσο καιαπό εκτρεφόμενους πληθυσμούς, ωστόσο είναι εμφανής η αύξηση της συνολικήςπαραγωγής από τους τελευταίους. Στις χώρες της Νότιας Ευρώπης, είδη όπως τοΕυρωπαϊκό λαβράκι (Dicentrarchus labrax) και η τσιπούρα (Sparus aurata) έχουνκαθιερωθεί ως τα κορυφαία είδη εκτρεφόμενων ιχθύων στην περιοχή τηςΜεσογείου. Ωστόσο, δεδομένης της μεγάλης ζήτησης των καταναλωτών γιαδιαφορετικά είδη θαλασσινών, νέα είδη ιχθύων έχουν ενταχθεί στιςυδατοκαλλιέργειες. Η αυξανόμενη παραγωγή των υδατοκαλλιεργειών απαιτείπεραιτέρω έρευνα σχετικά με τη γενετική δομή των εκτρεφόμενων πληθυσμώνκαθώς και υψηλότερα επίπεδα βελτίωσης του ρυθμού ανάπτυξης όσο και τηςαντοχής σε ασθένειες. Η παρούσα μελέτη καλείται να καλύψει τις παραπάνωαπαιτήσεις χρησιμοποιώντας διάφορες γενετικές και γονιδιωματικές προσεγγίσειςστο Ευρωπαϊκό λαβράκι καθώς και δύο νέα είδη με αναδυόμενη σημασία για τιςυδατοκαλλιέργειες, η συναγρίδα (Dentex dentex) και το μυτάκι (Diploduspuntazzo). Ειδικότερα, η παρούσα έρευνα επικεντρώθηκε στη μελέτη καιβελτίωση της ανάπτυξης σε όλα τα παραπάνω είδη καθώς και στη μελέτη τωνχαρακτηριστικών της ευζωίας και υγείας του Ευρωπαϊκού λαυρακιού.Το Ευρωπαϊκό λαβράκι παρουσιάζει υψηλότερη απόκριση στην καταπόνηση(στρες) κατά τους ανθρώπινους χειρισμούς, πχ. κατά την μεταφορά κ.α., σεσύγκριση με άλλα είδη ιχθύων της Μεσογείου. Η υψηλότερη απόκριση στηνκαταπόνηση επηρεάζει την ανάπτυξη και την ευζωία των ιχθύων. Εκτός από τηναπόκριση στην καταπόνηση, το Ευρωπαϊκό λαβράκι είναι ευάλωτο έναντι τωνπαθογόνων ειδών όπως το Vibrio anguillarum, εμφανίζοντας υψηλή θνητότηταμετά από σχετική μόλυνση. Για την εκτίμηση του συντελεστή κληρονομικότηταςτης απόκρισης στην καταπόνηση, του σωματικού βάρους και της ανθεκτικότηταςως προς τη μόλυνση με το Vibrio anguillarum και για τον εντοπισμό περιοχώνποσοτικών ιδιοτήτων (QTL) που σχετίζονται με τα παραπάνω χαρακτηριστικά στοΕυρωπαϊκό λαυράκι, επιλέχθηκε μια εμπορική ομάδα ιχθύων (παρτίδα 10, n = 620άτομα). Σε αυτήν την ομάδα, πραγματοποιήθηκε πείραμα καταπόνησης για τησυλλογή δεικτών σχετιζόμενων με την καταπόνηση (επίπεδα κορτιζόλης,λυσοζύμης και γλυκόζης) σε 3 χρονικά σημεία. Στα ιδιά άτομα καταγράφηκε καιτο βάρος των ιχθύων σε 4 χρονικά σημεία της ανάπτυξής τους. Επιπλέον, μιαυποομάδα των ιχθύων (n = 332) υποβλήθηκε σε τεχνητή μόλυνση με το βακτήριοVibrio anguillarum προκειμένου να μελετηθεί η ανθεκτικότητα στη νόσο. Ηανάλυση των δεδομένων διενεργήθηκε με εφαρμογή μικτών στατιστικώνπροτύπων (ατομικό ζωικό πρότυπο) πολλαπλών ιδιοτήτων τα οποία συνδύασαν ταδεδομένα των δεικτών καταπόνησης με το σωματικό βάρος και την αντοχή στηνασθένεια.Ο εκτιμηθείς συντελεστής κληρονομικότητας των μελετώμενων ιδιοτήτωνκυμάνθηκε από 0,23 έως 0,55. Επιπλέον, ο συντελεστής γενετικής συσχέτισηςμεταξύ του σωματικού βάρους και των επιπέδων κορτιζόλης ήταν αρνητικός (-0,43) ενώ ο αντίστοιχος συντελεστής μεταξύ των επιπέδων κορτιζόλης και τηςαντοχής στο Vibrio anguillarum βρέθηκε θετικός και ίσος με 0,33. Ο προς μελέτηπληθυσμός γονοτυπήθηκε με χρήση 35 μικροδορυφορικών δεικτών καιακολούθως κατασκευάστηκε χάρτης σύνδεσης, ο οποίος περιελάβανε 6 ομάδεςσύνδεσης. Ακολούθησε αναζήτηση γονιδιακών τόπων ποσοτικών ιδιοτήτων(QTLs) για τους δείκτες καταπόνησης, το σωματικό βάρος και την αντοχή στοVibrio anguillarum. Η διαδικασία αυτή οδήγησε στον εντοπισμό QTLs(μικροδορυφορικών δείκτες) που σχετίζονται με τους δείκτες καταπόνησης και τοσωματικό βάρος. Ωστόσο, κανένας δείκτης δε βρέθηκε να σχετίζεται στατιστικώςμε την αντοχή στη μόλυνση από Vibrio anguillarum. Συμπερασματικά, οιμελετώμενοι δείκτες καταπόνησης παρουσιάζουν υψηλά επίπεδα συντελεστώνκληρονομικότητας στο Ευρωπαϊκό λαβράκι. Το γεγονός αυτό σε συνδυασμό μετον εντοπισμό QTLs σχετιζόμενων με την καταπόνηση καθιστά δυνατή τηνεπιλογή (και μέσω δεικτών, MAS) υποψήφιων γεννητόρων οι οποίοι θαπαρουσιάζουν χαμηλότερα επίπεδα καταπόνησης κατά την εκτροφή τους. Με τονίδιο τρόπο, μπορεί να επιτευχθεί και βελτίωση του ρυθμού ανάπτυξης.Δεδομένου ότι εντοπίστηκαν σχετιζόμενα QTLs και εκτιμήθηκε ένας μέτριος έωςυψηλός συντελεστής κληρονομικότητας (0,40-0,60) για τις περισσότερες από τιςπαραπάνω ιδιότητες στον πληθυσμό, πραγματοποιήθηκαν περαιτέρω αναλύσεις μετη βοήθεια γενωμικών εργαλείων με σκοπό την πληρέστερη διερεύνηση τηςαποτελεσματικότητας της γενωμικής επιλογής. Για το σκοπό αυτό, διενεργήθηκεγονοτύπηση των ατόμων της πρώτη ομάδας ιχθύων (παρτίδα 10, n=620 άτομα) μεχρήση μικροσυστοιχίας η οποία περιλάμβανε 57000 πολυμορφισμούςμονονουκλεοτιδίων (Single Nucleotide Polymorphisms, SNPs). Παράλληλα, ηδεύτερη ομάδα ιχθύων (παρτίδα 13, n=330 άτομα) συμμετείχε σε πείραμακαταπόνησης με σκοπό τη συλλογή φαινοτυπικών δεδομένων (επίπεδακορτιζόλης, λυσοζύμης και γλυκόζης). Για το σύνολο του πληθυσμού, τα επίπεδαανισορροπίας σύνδεσης μεταξύ των μονονουκλεοτιδικών πολυμορφισμών (SNP)εκτιμήθηκαν σε 0,036 (r2) και κατασκευάστηκαν 886 απλότυποι πουπεριλάμβαναν όμως μόνο το 3,696 SNP (7,4% των συνολικών SNP). Ακολούθησεανάλυση συσχέτισης γονιδιωματικών δεικτών-φαινοτύπων για όλες τις παραπάνωμετρήσεις. Η ανάλυση αυτή ανέδειξε δύο QTLs (ή δείκτης) ως σχετιζόμενες με ταεπίπεδα του γαλακτικού οξέος εξηγώντας επιπλέον το 5% της φαινοτυπικήςδιακύμανσης για την ιδιότητα. Ένα QTL (ή δείκτης) βρέθηκε να σχετίζεται με ταεπίπεδα της λυσοζύμης, εξηγώντας το 2,2% της φαινοτυπικής παραλλακτικότηταςγια την ιδιότητα. Επιπλέον, εντοπίστηκε μια γενωμική περιοχή ως πιθανώςσχετιζόμενη με το ρυθμό ανάπτυξης στο χρωμόσωμα 23 και βρέθηκαν δύογενωμικές περιοχές (QTL), στο χρωμόσωμα 16, να σχετίζονται με το σωματικόβάρος.Πραγματοποιήθηκε χαρτογράφηση κληρονομικότητας χρησιμοποιώντας, τουςαπλoτύπους και περιοχές μεγέθους 20 συνεχόμενων SNP, αλλά δεν εντοπίστηκανστατιστικά σημαντικές περιοχές, μόνο πιθανές περιοχές σχετιζόμενες με ταεπίπεδα γαλακτικού οξέος. Τέλος, εκτιμήθηκαν τα επίπεδα της αναμενόμενηςετήσιας γενετικής προόδου για τα επίπεδα του γαλακτικού οξέος χρησιμοποιώνταςδύο διαφορετικές προσεγγίσεις: α) χρήση της μεθόδου της Αρίστης ΓραμμικήςΑμερόληπτης Πρόβλεψης (BLUP) και β) μέσω υποβοηθούμενης επιλογής μεδείκτες (Marker Assisted Selection, MAS). Για το σκοπό αυτό εκτιμήθηκαν οικληροδοτικές αξίες (EBV) σε δύο σενάρια: α) με βάση τον πίνακα A ο οποίοςπεριγράφει τις σχέσεις των ατόμων του πληθυσμού με βάση τα στοιχείαγενεαλογίας (κλασσικό πολυγονιδιακό πρότυπο γενετικής αξιολόγησης) και β) μευποβοηθούμενη επιλογή με χρήση δεικτών. Η σύγκριση των δύο σεναρίωνκατέδειξε υψηλότερα επίπεδα ετήσιας γενετικής προόδου (μείωση επιπέδωνγαλακτικού οξέος) κατά το σενάριο β. Συμπερασματικά, απαιτείται περαιτέρωέρευνα στην πιθανή γενωμική περιοχή η οποία βρέθηκε να σχετίζεται με τηνανάπτυξη ενώ τα ευρήματα της παρούσης αναφορικά με την αντοχή στηνκαταπόνηση (επίπεδα γαλακτικού οξέος) στο Ευρωπαϊκό λαβράκι μπορούν νααξιοποιηθούν και πρακτικά μέσω κατάλληλου προγράμματος επιλογής το οποίοστοχεύει στη μείωση των επιπέδων καταπόνησης.Δεδομένου ότι εντοπίστηκε περιορισμένος αριθμός γενωμικών περιοχών ωςσχετιζόμενες με τους μελετηθέντες φαινότυπους διενεργήθηκε περαιτέρωανάλυση με εκτίμηση των συντελεστών κληρονομικότητας και ανάλυσησυσχέτισης γενωμικών δεικτών-φαινοτύπων. Συγκεκριμένα, εκτιμήθηκε οσυντελεστής κληρονομικότητας για τις διάφορες ιδιότητες σε δύο σενάριαεκτίμησης των συγγενικών σχέσεων των ατόμων του πληθυσμού. Στο πρώτο, οισχέσεις μεταξύ των ατόμων του πληθυσμού προσδιορίστηκαν μέσω γενεαλογίας(Pedigree Relationship Matrix, PRM) ενώ στο δεύτερο μέσω γενωμικών δεικτώνμε βάση το γονότυπο των ατόμων για n = 50.136 μονονουκλεοτιδικούς δείκτες(SNPs) (Genomic Relationship Matrix, GRM)). O συντελεστής κληρονομικότηταςγια τους δείκτες καταπόνησης κατά το A’ σενάριο κυμάνθηκε από 0,31 έως 0,63ενώ σε συγκρίσιμα επίπεδα (0,43 έως 0,64) εκτιμήθηκε και κατά το β σενάριο. Γιατο σωματικό βάρος, ο συντελεστής κληρονομικότητας κυμάνθηκε από 0,54 έως0,75 στην πρώτη περίπτωση και από 0,54 έως 0,61 στη B΄ περίπτωση.Διενεργήθηκε επίσης εκτίμηση των ατομικών κληροδοτικών αξιών στις δύοπαραπάνω περιπτώσεις (ΕΒV και GEBV, αντίστοιχα). Ο συντελεστής συσχέτισηςμεταξύ EBV-GEBV κυμάνθηκε από 0,78 έως 0,85 για τους δείκτες καταπόνησηςκαι από 0,85 έως 0,91 για το σωματικό βάρος. Η ακρίβεια της επιλογής κυμάνθηκεαπό 0,78 έως 0,99 ενώ η ακρίβεια της εκτίμησης των κληροδοτικών αξιώνκυμάνθηκε από 0,32 έως 0,78 για όλους τους φαινότυπους με ακριβέστερεςεκτιμήσεις κατά την χρήση του πίνακα γονιδιωματικών σχέσεων (GRM).Επιπλέον, επιλέγοντας το 45% του πληθυσμού ως μελλοντικούς υποψήφιουςγεννήτορες, προβλέφθηκε υψηλότερη ετήσια γενετική πρόοδος για κάθε ιδιότητακατά την εκτίμηση των κληροδοτικών τιμών μέσω του πίνακα GRM. Τααποτελέσματα αυτά καταδεικνύουν την αποτελεσματικότητα της γενωμικήςεπιλογής έναντι της παραδοσιακής προσέγγισης κατά την εκτίμηση τωνκληροδοτικών αξιών των ατόμων.Εκτός από το Ευρωπαϊκό λαυράκι, υπάρχει περιορισμένη γνώση αναφορικά με τογενετικό υπόβαθρο της αναπτυξιακής ικανότητας των σχετικά νέων ειδών ιχθύωνστις ιχθυοκαλλιέργειες, όπως η συναγρίδα και το μυτάκι. Η γνώση αυτή μπορεί νααξιοποιηθεί κατά το σχεδιασμό προγραμμάτων γενετικής βελτίωσης με σκοπό τηβελτίωση της παραγωγικότητάς τους. Στα πλαίσια αυτής της προσπάθειας,χρησιμοποιήθηκε ένας επιλεγμένος αριθμός ιχθύων του είδους μυτάκι (129 άτομα)και της συναγρίδας (131 άτομα). Τα άτομα αυτά γονοτυπήθηκαν χρησιμοποιώνταςμια στοχαστική μέθοδο γονοτύπησης επόμενης γενιάς (ddRAD) ενώ παράλληλασυλλέχθηκαν φαινοτυπικά δεδομένα που σχετίζονται με την ανάπτυξη κατά ταπρώιμα στάδια. Οι ανακαλυφθέντες μονονουκλεοτιδικοί πολυμορφισμοίσυνδυάστηκαν κατάλληλα και κατασκευάστηκε ο πρώτος γενετικός χάρτηςσύνδεσης για τα δύο είδη, ο οποίος περιλάμβανε 24 ομάδες σύνδεσης. Επιπλέον,πραγματοποιήθηκε πιλοτική χαρτογράφηση γονιδιακών τόπων ποσοτικώνιδιοτήτων (QTL) για τα δύο είδη, η οποία αποκάλυψε πιθανούς γονιδιακούς τόπους(QTL) που σχετίζονται με την ανάπτυξη κατά τα πρώιμα στάδια. Η συγκριτικήγενωμική ανάλυση των περιοχών αυτών σε σχέση με το γονιδίωμα αναφοράς τηςτσιπούρας και του Ευρωπαϊκού λαυρακιού, αποκάλυψε ότι οι περιοχές αυτέςβρίσκονται εγγύς γονιδίων (ή τόπων) σχετιζόμενων με την ανάπτυξη στα δύο είδη.Η ίδια ανάλυση αποκάλυψε υψηλά επίπεδα ομολογίας μεταξύ των ειδώνεπικυρώνοντας την ποιότητα των γενετικών χαρτών για τα νέα είδη. Παράλληλαδιαπιστώθηκαν υψηλότερα επίπεδα ομολογίας μεταξύ των νέων ειδών με τηντσιπούρα έναντι του Ευρωπαϊκού λαυρακιού. Το αποτέλεσμα αυτό μπορεί ναθεωρηθεί αναμενόμενο, καθόσον τα δύο νέα είδη παρουσιάζουν φυλογενετικάμεγαλύτερη εγγύτητα με την τσίπουρα σε σχέση με το Ευρωπαϊκό λαβράκι.Συμπερασματικά, τα νέα γενετικά δεδομένα στα είδη συναγρίδα και μυτάκικατέδειξαν πιθανές γενωμικές περιοχές σχετιζόμενες με την ανάπτυξη κατά ταπρώιμα στάδια. Επιπλέον, λόγω της υψηλής γενετικής ομολογίας τωνγονιδιωμάτων των νέων ειδών με αυτό της τσιπούρας, γονιδιακοί τόποι (QTL) πουέχουν εντοπιστεί στην τσιπούρα μπορούν εν δυνάμει να αποδειχθούν ιδιαίτεροιχρήσιμοι στα δύο νέα είδη.