Βελτιστοποίηση αλγόριθμων μαθηματικών μοντέλων βιοπληροφορικής

Περίληψη

Η εργασία αποτελείται από τέσσερα (4) κεφάλαια:Κεφάλαιο 1-Αλγόριθμοι και Μαθηματικά ΜοντέλαΤο κεφάλαιο αυτό παρέχει ορισμούς για τα βιολογικά μακρομόρια και κυρίως για τις μαθηματικές αναπαραστάσεις των δευτεροταγών δομών RNA. Από το σύνολο των κανονικών ζευγών, είναι σαφές ότι μια συγκεκριμένη ακολουθία RNA έχει πολλές πιθανές δομές. Στην πραγματικότητα, ο αριθμός των πιθανών δομών αυξάνεται εκθετικά με το μήκος της ακολουθίας RNA, οπότε θεωρείται πρόκληση ο προσδιορισμός του ρόλου της δομής και η πρόβλεψη της πιθανής λειτουργίας του. Παρουσιάζεται ένας νέος ‘loopless’ αλγόριθμος παραγωγής μεταθέσεων για την αναπαράσταση κλειστών δευτεροταγών δομών RNA, ο οποίος μειώνει την πολυπλοκότητα σε O(n), κάνοντας μόνο αντιμεταθέσεις μη γειτονικών ζευγών. Ο αντίστοιχος κώδικας του προγράμματος σε C μπορεί να βρεθεί στο Παράρτημα Α της εργασίας αλλά και στο εργαστήριο του τμήματος CMODLAB. Προτείνονται επίσης δύο νέοι αλγόριθμοι, για την παραγωγή ένθετων συνόλων (nested sets) και Motzkin λέξεω ...
περισσότερα

Περίληψη σε άλλη γλώσσα

The Thesis consists of four (4) chapters:Chapter 1-Algorithms and Mathematical ModelingThis chapter provides definitions for biological macromolecules and mainly for the mathematical representations of RNA secondary structures. From the set of canonical pairs, it is clear that a given RNA sequence has many potential structures. In fact, the number of possible structures grows exponentially with the length of the RNA sequence. The challenge is to identify whether structure plays a functional role for a given RNA sequence and, if yes, to predict this functional RNA structure. A new ‘loopless’ permutation-based algorithm is introduced for the representation of closed RNA secondary structures, which generates the permutations on base-pairs of ‘k-noncrossing’ setting partitions. The proposed algorithm reduces the computational complexity of known similar techniques in O(n), using minimal change ordering and transposing of not adjacent elements. The corresponding programming code in C can be ...
περισσότερα

Όλα τα τεκμήρια στο ΕΑΔΔ προστατεύονται από πνευματικά δικαιώματα.

Διεύθυνση Handle
http://hdl.handle.net/10442/hedi/31573
ND
31573
Εναλλακτικός τίτλος
Optimizing algorithms for mathematical modeling in bioinformatics
Συγγραφέας
Αλεξίου, Αθανάσιος του Θεόδωρος
Ημερομηνία
2012
Ίδρυμα
Ιόνιο Πανεπιστήμιο. Πληροφορικής
Εξεταστική επιτροπή
Βλάμος Παναγιώτης
Χρυσικόπουλος Βασίλειος
Ανδρόνικος Θεόδωρος
Κούβελας Δημήτριος
Κουτσούρης Δημήτριος-Διονύσιος
Χατζηνικολάου Μαρία
Χάλλεϋ Τζων-Μάξγουελ
Επιστημονικό πεδίο
Φυσικές Επιστήμες
Επιστήμη Ηλεκτρονικών Υπολογιστών και Πληροφορική
Λέξεις-κλειδιά
Κλειστές RNA δευτεροταγείς δομές; Πρόβλημα αλληλεπίδρασης RNA; Motzkin μονοπάτια; Μιτοχονδριακές λειτουργίες; Συλλογιστική βασισμένη σε περιπτώσεις; Νευροεκφυλιστικές νόσοι; Ηλεκτρική θρόμβωση; Βιοηθική
Χώρα
Ελλάδα
Γλώσσα
Αγγλικά
Άλλα στοιχεία
232 σ., πιν., σχημ., ευρ.
Στατιστικά χρήσης
ΠΡΟΒΟΛΕΣ
Αφορά στις μοναδικές επισκέψεις της διδακτορικής διατριβής.
Πηγή: Google Analytics.
ΞΕΦΥΛΛΙΣΜΑΤΑ
Αφορά στο άνοιγμα του online αναγνώστη.
Πηγή: Google Analytics.
ΜΕΤΑΦΟΡΤΩΣΕΙΣ
Αφορά στο σύνολο των μεταφορτώσων του αρχείου της διδακτορικής διατριβής.
Πηγή: Εθνικό Αρχείο Διδακτορικών Διατριβών.
ΧΡΗΣΤΕΣ
Αφορά στις μοναδικές επισκέψεις της διδακτορικής διατριβής.
Πηγή: Εθνικό Αρχείο Διδακτορικών Διατριβών.
Σχετικές εγγραφές (με βάση τις επισκέψεις των χρηστών)