Εφυής εξόρυξη βιοϊατρικών δεδομένων για τη δημιουργία ολοκληρωμένων μοντέλων φυσιολογίας

Περίληψη

Στο πλαίσιο συνεισφοράς στη κατασκευή Ολοκληρωμένων Μοντέλων Φυσιολογίας, αναπτύχθηκαν τρεις νέες προσεγγίσεις, στοχεύοντας σε διαφορετικά επίπεδα βιοϊατρικής μοντελοποίησης. Στο χαμηλότερο μοριακό επίπεδο, η ολοκλήρωση μεταβολικών μονοπατιών με ένα τρόπο ικανό στην παραγωγή περιγραφικών και προγνωστικών δυναμικών μοντέλων, είχε σαν αποτέλεσμα την δημιουργία του εργαλείου KEGGconverter. Με τον KEGGconverter είναι δυνατή η παραγωγή ολοκληρωμένων ισοδύναμων μεταβολικών μονοπατιών, κατάλληλων για εργασίες προσομοίωσης, έχοντας σαν είσοδο μόνο αρχεία KGML και έχοντας σαν έξοδο μοντέλα SBML. Η αυτοματοποιημένη εισαγωγή στα μοντέλα τεσσάρων κινητικών μηχανισμών κατά περίπτωση, παρέχει την προσθήκη του επιπέδου κινητικών εξισώσεων, κατευθυνόμενο από έναν αλγόριθμο βασιζόμενο σε κανόνες, ο οποίος αναπτύχθηκε για το συγκεκριμένο έργο. Σε υψηλότερο επίπεδο, ο νέος αλγόριθμος GOrevenge χρησιμοποιεί την Gene Ontology ώστε να αντιστοιχίσει γονίδια σε ορισμένα κυτταρικά μονοπάτια και αντίστροφα, μ ...
περισσότερα

Περίληψη σε άλλη γλώσσα

In the context of contributing to the creation of Integrated Physiological Models, three novel approaches are proposed and developed, targeting at different levels of biomedical modelling. At the lower molecular level, the integration of metabolic pathways in a way capable of deriving descriptive and predictive dynamic models resulted in the creation of the KEGGconverter tool. KEGGconverter is capable of producing integrated analogues of metabolic pathways appropriate for simulation tasks, by inputting only KGML files and having an SBML model as output. The automated introduction of four case-specific default kinetic mechanisms in the models provides for the addition of the layer of kinetic equations, which is directed by a rule-based algorithm that was implemented for the specific task. At a higher level, the novel GOrevenge algorithm exploits the Gene Ontology to map genes to specific cellular pathways and vice versa in order to further infer the putative functional role of specific ...
περισσότερα

Όλα τα τεκμήρια στο ΕΑΔΔ προστατεύονται από πνευματικά δικαιώματα.

DOI
10.12681/eadd/28595
Διεύθυνση Handle
http://hdl.handle.net/10442/hedi/28595
ND
28595
Εναλλακτικός τίτλος
Intelligent mining of biomedical data for the creation of integrated physiological models
Συγγραφέας
Μούτσελος, Κωνσταντίνος του Χρήστος
Ημερομηνία
2013
Ίδρυμα
Πανεπιστήμιο Στερεάς Ελλάδος. Τμήμα Πληροφορικής με Εφαρμογές στη Βιοϊατρική
Εξεταστική επιτροπή
Μαγκλογιάννης Ηλίας
Κουτσούρης Δημήτριος
Πλαγιανάκος Βασίλειος
Μπάγκος, Παναγιώτης
Αλετράς Αντώνιος
Αλεξόπουλος Λεωνίδας
Χατζηιωάννου Αριστοτέλης
Επιστημονικό πεδίο
Φυσικές ΕπιστήμεςΕπιστήμες Ηλεκτρονικών Υπολογιστών & Πληροφορικής
Επιστήμες Μηχανικού και ΤεχνολογίαΒιοϊατρική Μηχανική
Λέξεις-κλειδιά
Εικονική ανθρώπινη φυσιολογία; Μεταβολικά μονοπάτια; Κινητικές εξισώσεις; Συστημική βιολογία; Οντολογία γονιδίων; Συγκερασμός δεδομένων; Μοντέλα; Τυχαία δάση; Δερματικό μελάνωμα
Χώρα
Ελλάδα
Γλώσσα
Αγγλικά
Άλλα στοιχεία
150 σ., πιν., σχημ., γραφ., ευρ.
Στατιστικά χρήσης
ΠΡΟΒΟΛΕΣ
Αφορά στις μοναδικές επισκέψεις της διδακτορικής διατριβής.
Πηγή: Google Analytics.
ΞΕΦΥΛΛΙΣΜΑΤΑ
Αφορά στο άνοιγμα του online αναγνώστη.
Πηγή: Google Analytics.
ΜΕΤΑΦΟΡΤΩΣΕΙΣ
Αφορά στο σύνολο των μεταφορτώσων του αρχείου της διδακτορικής διατριβής.
Πηγή: Εθνικό Αρχείο Διδακτορικών Διατριβών.
ΧΡΗΣΤΕΣ
Αφορά στις μοναδικές επισκέψεις της διδακτορικής διατριβής.
Πηγή: Εθνικό Αρχείο Διδακτορικών Διατριβών.
Σχετικές εγγραφές (με βάση τις επισκέψεις των χρηστών)